元亨年間（1321〜1324頃）関白一条経通が父内経の菩提を弔うために定山祖禅を招いて開創。元禄四年（1691）の火災で焼失して関白一条兼輝によって復興するも宝暦五年（1755）の火災で堂宇は焼失してしまう。現在の建物は桃園天皇后恭礼門院の旧殿の一部を移築したものと、明治三十一年（1899）照憲皇后の内帑金で改築したものである。

庭園・画家雪舟が水墨を描くがごとく、山水画を強調して雄大であった庭が、火災によって荒廃し、昭和十二年に復元した。鶴亀庭園で亀島に雪舟の逸話がある。本来は亀が松に譬えてた蓬莱山を背負うが、画家らしく実際に植栽を使わず 蓬莱山として石山を背負させたのでしょう。利生譚であろう、動く亀の背に差し込んだという石が組まれて、この様な話を作らずとも雪舟の作庭ならば人は集まったであろうに。