物部氏ら排仏派の迫害を逃れて高麗(こま)の僧、恵便(えべん)法師はこの地に身をかくした。その教えをうけるため、聖徳太子は法師（ほうし）を探し、この地に来られた。秦川勝（はたのかわかつ）は太子の命により、三間四面の庵を建立し、刀田山四天王寺聖霊院（不明の門）と名付けられたのが鶴林寺の前身であると伝えられている。
　養老2年（718年）、武蔵の大目身人部春則(むとべはるのり)が太子の聖徳を顕彰するため、伽藍を建立し、又、9世紀初期慈覚大師円仁が渡唐の途中に立ち寄り、薬師仏を刻み、当寺で国家の安泰を祈願された。この時より天台宗として今日に至る。

寺名が鶴林寺と名を変えられたのは、釈迦牟尼涅槃のときに、沙羅樹が、鶴の羽のように真っ白に枯れたという言い伝えから、天永3年(1112年)鳥羽天皇が「鶴林寺」の勅額を下賜し、勅願所に定めらた時からという。鎌倉時代、高僧達の太子信仰が盛んになり、太子の縁深き鶴林寺は、寺坊30数ヶ坊、寺領25.000石、楽人数十名が太子の命日には舞楽を奏していたといわれたが、残念ながら戦国時代には、信長、秀吉らの弾圧、さらには江戸幕府の徳川家から厳しい宗教政策のため、衰退は免れなかった。
　昔、法隆寺と双子のような伽藍（がらん）を持つ寺院が市内にあった。
七〜九世紀にかけての西条廃寺、八〜九世紀前半の石守廃寺、七〜九世紀にかけての中西廃寺などで、法隆寺文化の広がりがうかがえる。しかしそれらはすべて九世紀で姿を消している、それは８６８年の播磨大地震で尽く倒壊して廃寺と化したのであろう。
唯一播磨の法隆寺・鶴林寺は、今日では、宝生院、浄心院、真光院の三ヶ寺の姿を残すだけになってしまった。
　又此処は「刀田（とた）の太子さん」と親しまれて、「播磨の法隆寺」とも言われているが、鶴林寺がその地震前までどこにあったのだろうか、その場所を特定することはできない。

観音堂・本尊：聖観世音菩薩
　この堂は、江戸時代宝永２年（１７０５）姫路城主の榊原正邦公の寄進によって再建されたものである。元来、観音堂には愛太子観音と呼ばれている白鳳時代の聖観音菩薩（現在は宝物館に安置）をお祀りしていたが、明治時代の神仏分離政策以降は浜の宮神社の本地仏であった現本尊聖観世音菩薩（秘仏）をお祀りするようになった。