平安京造営の際には大掛かりな冶水工事がおこなわれ、その際に湧き水を利用して造った池泉です。常に清水が滾々としていたので神泉苑と呼んだと言います。桓武天皇は中国周の文王の霊囿を手本に造営して正殿に乾臨閣を建立、池泉には蓮が咲き水鳥が遊ぶ、植栽は茂って鹿、小動物、鳥が遊び、池泉上を走る爽やかな風が夏を心地よく過させる。桓武天皇が延暦十九年（800）の夏に行幸されてからは歴代の天皇が御遊覧され醍醐天皇の行幸の際に五位鷺の逸話も残り、嵯峨天皇は四十三回も行幸されたといいます。
　東寺の空海と西寺の守敏が祈雨の修法を行なってから神泉苑は祈雨修法の聖地にもなり、祇園御霊会（祇園祭）の起源御霊会を執り行った聖地でもあります。慶長七年に徳川家康が二条城築城に清水は外堀、内堀の水に取られ、神泉苑は北側を大きく削り取られました。今は面影は無く、小さな池泉に浮かぶ小島の祠に善女竜王が祀られて僅かに偲ばせているだけです。