貞観年間（859〜857頃）に中納言藤原山陰卿が藤原氏の氏神奈良春日神社を勧請して、自宅に氏神を手近にした事に始まる。藤原氏の氏神として栄えると共に朝廷の崇敬も得たが、応仁・文明、いわゆる応仁の乱の兵火により都が寂れて行くと共に存亡の危機を迎えた。その時期に、祠官である吉田兼倶が本地垂迹説に基く両部神道に対して、神のみ唯一を唱え、仏教渡来以前の原点に帰り萬の神を祀って復興を成すと共に、地方の神社に対して権威を振るうまでになった。神社の基を成した山陰卿は包丁（料理）の神として摂社に祀られています。
二月二日〜四日の節分祭の追儺式「鬼やらい」は、この神社の参道は人でうまります。